Chính phủ đã ban hành Nghị định 100/2016/NĐ-CP hướng dẫn Luật sửa đổi Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế. Theo đó, có một số điểm đáng chú ý như sau: – Giảm mức phạt chậm nộp thuế xuống còn 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp (quy định cũ ở mức là 0,05%/ngày). – Thêm mặt hàng thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào các trường hợp không áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng 0%. – Bổ sung trường hợp hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt được bán cho các cơ sở kinh doanh thương mại có quan hệ công ty mẹ, công ty con hoặc các công ty con trong cùng công ty mẹ hoặc là cơ sở có mối quan hệ liên kết thì: Giá bán làm căn cứ xác định giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt không được thấp hơn tỷ lệ 7% so với giá bình quân của các cơ sở kinh doanh thương mại mua trực tiếp của cơ sở sản xuất, nhập khẩu bán ra. Nghị định 100/2016/NĐ-CP có hiệu lực kể từ ngày 01/7/2016 (Riêng Khoản 2 Điều 3 của Nghị định này có hiệu lực từ ngày 01/9/2016).