Theo hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung theo Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC) về hoàn thuế GTGT:
“2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư b)… Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. …”
Theo quy định tại Điều 39, Điều 40 và Điều 46 Luật đầu tư số 67/2014/QH13 ngày 01/7/2015:
“Điều 39. Nội dung Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư …
8. Tiến độ thực hiện dự án đầu tư: tiến độ xây dựng cơ bản và đưa công trình vào hoạt động (nếu có); tiến độ thực hiện các mục tiêu hoạt động, hạng mục chủ yếu của dự án, trường hợp dự án thực hiện theo từng giai đoạn, phải quy định mục tiêu, thời hạn, nội dung hoạt động của từng giai đoạn.”
“Điều 40. Điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
1. Khi có nhu cầu thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nhà đầu tư thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.”
“Điều 46. Giãn tiến độ đầu tư
1. Đối với dự án được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư, nhà đầu tư phải đề xuất bằng văn bản cho cơ quan đăng ký đầu tư khi giãn tiến độ thực hiện vốn đầu tư, tiến độ xây dựng và đưa công trình chính vào hoạt động (nếu có); tiến độ thực hiện các mục tiêu hoạt động của dự án đầu tư.”
Theo quy định tại Điều 26 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12/11/2015 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư:
“Điều 26. Trách nhiệm thực hiện dự án đầu tư …
2. Đối với dự án đầu tư thực hiện theo Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư, nhà đầu tư có trách nhiệm triển khai thực hiện dự án đầu tư theo đúng nội dung quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư và quy định của pháp luật có liên quan.”
Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty có dự án đầu tư mới, đáp ứng các quy định của pháp luật về thuế và pháp luật về đầu tư thì được giải quyết hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phát sinh trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động.
Trường hợp dự án đầu tư của Công ty bị chậm tiến độ so với nội dung trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thì Công ty có trách nhiệm đề xuất bằng văn bản với cơ quan đăng ký đầu tư để điều chỉnh tiến độ thực hiện dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về thuế và phù hợp với quy định của pháp luật về đầu tư.